Les marais de la Grande Brière s'étendent principalement sur la commune de Saint-Joachim qui comprend le territoire indivis du marais. Les communes suivantes ont également une part plus ou moins importante de leur territoire située sur le marais: Assérac, La Baule-Escoublac, La Chapelle-des-Marais, Crossac, Donges, Guérande, Herbignac, Missillac, Montoir-de-Bretagne, Pornichet, Saint-André-des-Eaux, Saint-Lyphard, Saint-Malo-de-Guersac, Saint-Molf, Saint-Nazaire, Sainte-Reine-de-Bretagne et Trignac.